Rapat Panitia Antar Departemen untuk membahas ketiga RPP tersebut telah mulai diselenggarakan Kamis 15 Januari 2009 di Kantor Departemen Perhubungan yang dibuka langsung oleh Sekretaris Jenderal Departemen Perhubungan H.Harijogi.  “Mengingat waktu yang telah mendesak, maka Pemerintah memprioritaskan 3 (tiga) RPP tersebut,” kata Harijogi pada kesempatan membuka acara tersebut. Rapat Panitia antar Departemen ini melibatkan berbagai lembaga Pemerintah seperti Departemen Perhubungan, TNI AL, Departemen Kelautan dan Perikanan, Departemen Hukum dan HAM, Departemen Dalam Negeri dan berbagai instansi Pemerintah lainnya.

Selanjutnya dalam sambutan Haryogi menjelaskan materi yang dibahas dalam penyusunan materi ketiga RPP tersebut menyangkut hal-hal sebagai berikut :

  1. Rancangan Peraturan Pemerintah tentang Angkutan di Perairan, antara lain mengatur mengenai kegiatan angkutan di perairan, angkutan di perairan untuk daerah masih tertinggal dan/atau wilayah terpencil, perizinan usaha angkutan di perairan, usaha jasa terkait dengan angkutan di perairan, tarif angkutan di perairan, wajib angkut, tanggung jawab pengangkut, pelayanan angkutan untuk penyandang cacat dan orang sakit, pengangkutan barang khusus dan barang berbahaya, pemberdayaan industri angkutan di perairan nasional, sistem informasi angkutan di perairan, dan sanksi administratif.
  2. Rancangan Peraturan Pemerintah tentang Kepelabuhanan, antara lain mengatur mengenai rencana induk pelabuhan nasional, penetapan lokasi, rencana induk pelabuhan serta daerah lingkungan kerja (DLKr) dan daerah lingkungan kepentingan (DLKp) pelabuhan, penyelenggaraan kegiatan di pelabuhan, perizinan pembangunan dan pengoperasian pelabuhan atau terminal, penarifan, terminal khusus dan terminal untuk kepentingan sendiri, pelabuhan dan terminal khusus yang terbuka bagi perdagangan luar negeri, dan sistem informasi kepelabuhanan.
  3. Rancangan Peraturan Pemerintah tentang Kenavigasian, antara lain mengatur mengenai penyelenggaraan kegiatan kenavigasian, sarana bantu navigasi-pelayaran, telekomunikasi-pelayaran, pelayanan meteorologi, alur dan perlintasan, bangunan atau instalasi di perairan, pengerukan dan reklamasi, pemanduan, kerangka kapal, salvage dan pekerjaan bawah air, sistem informasi kenavigasian, dan sumber daya manusia.

Mekanisme pembahasan antar Departemen diawali dengan pemaparan oleh Ditjen Perhubungan Laut tentang materi yang berisi muatan yang akan diatur dalam RPP. Berdasarkan hasil pemaparan tersebut selanjutnya para anggota pembahas dalam Panitia Antar Departemen diminta memberikan masukan secara tertulis untuk pembahasan lanjut. Setelah dicapai kesepakatan tentang materi, Panitia Antar Depatemen akan meneruskannya kepada Menteri Hukum dan HAM.

Sesuai ketentuan Undang-undang No 17 Tahun 2009 tentang Pelayaran khususnya pada Pasal 347 dinyatakan bahwa peraturan pemerintah di bidang pelayaran harus ditetapkan paling lambat 1 (satu) tahun sejak undang-undang tersebut diberlakukan. Dari hasil telaahan dan inventarisasi, terhadap 46 (empat puluh enam) pasal yang ada, didapat kesimpulan dibutuhkan 9 (sembilan) Rancangan Peraturan Pemerintah di bidang Pelayaran untuk mendukung implementasi Undang-undang tersebut.  Keseluruhan RPP yang dibutuhkan tersebut masing-masing adalah RPP tentang Angkutan di Perairan, RPP tentang Kepelabuhanan, RPP tentang Kenavigasian, RPP tentang Kesejahteraan Awak Kapal dan Kesehatan Penumpang, RPP tentang Perlindungan Lingkungan Maritim, RPP tentang Pemeriksaan Kecelakaan Kapal, RPP tentang Kewenangan dan Identitas Penjagaan Laut dan Pantai (Sea and Coast Guard), RPP tentang Angkutan Multimoda, dan RPP tentang Pencarian dan Pertolongan (Search and Rescue) (BRD/YFA)