Departemen Perhubungan telah ada sejak Periode awal Kemerdekaan Indonesia yang dibentuk berdasarkan periode Kabinet Republik Indonesia :

1.      Kabinet Presidensiil : 2 September 1945 s.d. 14 November 1945

• Menteri Perhubungan adalah  Abikusno Tjokrosujono.

2.      Kabinet Sjahrir ke I : 14 Nopember 1945 s.d. 12 Maret 1946

• Menteri Perhubungan adalah Ir. Abdulkarim.

3.      Kabinet Sjahrir ke II : 12 Maret 1945 s.d. 2 Oktober 1946

• Menteri Perhubungan adalah Ir. Abdulkarim 
• Menteri Muda Perhubungan adalah Ir. Djuanda

4.      Kabinet Sjarir ke III : 2 Oktober 1946 s.d. 3 Juli 1947

• Menteri Perhubungan adalah Ir. Djuanda
• Menteri Muda Perhubungan adalah Ir. Djuanda
• Menteri Muda Perhubungan adalah Setiadjid

5.      Kabinet Amir Sjarifudin ke I : 3 Juli 1947 s.d. 20 Januari 1948

• Menteri Perhubungan adalah Ir. Djuanda

6.      Kabinet Amir Sjarifudin ke II : 11 Nopember 1947 s.d. 20 Januari 1948

• Menteri Perhubungan adalah Ir. Djuanda

 7.      Kabinet Hatta ke I (Kabinet Presidensiil) : 20 Januari 1948 s.d. 4 Agustus 1948 

 8.      Kabinet Darurat : 19 Desember 1948 s.d. 13 Juli 1949

• Menteri Perhubungan dan mewakili kemakmuran adalah Ir. Indratjaj

9.      Kabinet Hatta k II (Kabinet Presidensiil) : 4 Agustus 1949 s.d. 20 Desember 1949

• Menteri Perhubungan adalah Ir. H. Laoh

10.  Kabinaet Susanto (Kabinet Peralihan) : 20 Desember 1949 s.d. 21 Januari 1950 Tidak ada Menterinya

11.  Kabinet Halim (Republik Indonesia Jogya-Jakarta) : 21 Januari 1950 s.d.   6 September 1950

• Menteri Pekerjaan Umum dan Perhubungan adalah Ir. Sitompul                                                 

12.  Kabinet Republik Indonesia Serikat Pertama dan Terakhir : 20 Desember 1949 s.d. 6 September 1950

• Menteri Perhubungan adalah Mr. Wilopo

13.  Kabinet Natsir (Kabinet Republik Indonesia Kesatuan ke I) : 6 September 1950 s.d. 27 April 1951

• Menteri Perhubungan adalah Ir. Djuanda

14.  Kabinet Sukiman (Kabinet Republik Indonesia Kesatuan ke II) 27 April 1951 s.d. 3 April 1952

15.  Kabinet Wilopo (Kabinet Republik Indonesia Kesatuan ke III) 3 April 1952 s.d.1 Agustus 1953

• Menteri Perhubungan adalah Ir. Djuanda

16.  Kabinet Ali Sastroamidjoyo ke I (Kabinet Republik Indonesia ke IV): 1 Agustus 1953 s.d. 12 Agustus 1955

• Menteri Perhubungan adalah Abikusno Tjokrosujoso
• Mulai tanggal 19 Nopember 1954 Mr. Abikusno Tjokrosujoso meletakkan jabatan sebagai Menteri Perhubungan ad interim dan diganti oleh
• DR. A. K Gani dengan Keppres No. 227 tahun 1954 tangal 18 Nopember 1954

17.  Kabinet Burhanuddin Harahap (Kabinet Republik Indonesia Kesatuan ke V):   12 Agustus 1955 s.d. 24 Maret 1956

• Menteri Perhubungan adalah F. Laoh
• Menteri Muda Perhubungan adalah Asrarudin

18.  Kabinet Ali Sastroamidjoyo ke II (Kabinet Rep. Indonesia Kesatuan ke VI):   24 Maret 1956 s.d. 9 April 1957

• Menteri Perhubungan adalah H. Sjuchjar Tedjasukmana
• Menteri Muda Perhubungan adalah A. Be. De Rozari, terhitung tangal 9 Januari 1967 diberhentikan dengan hormat dari jabatannya.

Program Kementerian Perhubungan jaman itu adalah :

a.       Memperlengkapi alat-alat transport untuk daerah yang menghasilkan produksi banyak, sehinga tercapai imbangan yang baik antar produksi dan    konsumsi dengan mengutamakan rehabilitasi jalan-jalan di luar jawa.

b.      Memajukan dan mengawasi pelayaran nasional serta melindungi terhadap persaingan asing.

19.  Kabinet Djuanda ? Kabinet Karya (Kabinet Republik Indonesia Kesatuan ke VII):  9 April 1957 s.d. 10 Juli 1959

• Menteri Perhubungan adalah Mr. Sukardan

20.  Kabinet Republik Indonesia (sesudah Dekrit Presiden 5 Juli 1959) dengan periode :

a.       Kabinet Kerja I : 10 Juli 1959 s.d. 18 Februari 1960

• Menteri Muda Perhubungan Laut adalah Ir. Abdul Mutholib Danunungrat
• Menteri Muda Perhubungan Darat dan Pos Telegrap dan Telepon adalah  Jend. Mayor Djatikusumo
• Menteri Muda Perhubunga Udara adalah Kol . Udara R. Iskandar

b.      Kabinet Kerja II : 18 Februari 1960 s.d. 6 Maret 1962

• Menteri  Perhubungan Darat dan Pos Telegrapdan Telepon, Pariwisata adalah   Mayor Jend . Djatikusumo
• Menteri  Perhubungan Laut adalah Ir. Abdul Mutholib Danunungrat
• Menteri  Perhubunga Udara adalah Kol . Udara R. Iskandar

c.       Kabinet Kerja III : 6 Maret 1962 s.d. 13 November 1963

• Menteri  Perhubungan Darat dan Pos Telekomunikasi dan Pariwisata adalah Letjen Djatikusumo
• Menteri Muda Perhubungan Laut adalah Ir. Abdul Mutholib Danunungrat
• Menteri Muda Perhubungan Darat dan Pos Telegrap dan Telepon, Pariwisata adalah  Letnan Jend. Mayor Djatikusumo
• Menteri Muda Perhubunga Udara adalah Kol . Udara R. Iskandar

d.      Kabinet Kerja IV : 13 November 1963 s.d. 27 Agustus 1964

• Menteri  Perhubungan Darat dan Pos Telekomunikasi dan Pariwisata adalah   Letjen Hidayat
• Menteri  Perhubungan Laut adalah Brigadir Jenderal KKO Ali Sadikin
• Menteri  Perhubunga Udara adalah Laksamana Muda Udara  Iskandar

c.       Kabinet Dwikora : 27 Agustus 1964 s.d. 1965

• Menteri Perhubungan Darat : Letjen Hidayat
• Menteri Perhubungan Udara : Partono (baru mulai 2 April 1965)

21.  Kabinet Sesudah Orde Lama yaitu :

a.       Kabinet Dwikora yang disempurnakan : 24 Februari 1966 s.d. 28 Maret 1966

• Menteri Perhubungan Udara: Partono
• Menteri Perhubungan Laut : Mayjen KKO Ali  Sadikin

b.      Kabinet Dwikora yan disempurnakan : 27 Maret 1966 s.d. 25 Juli 1966

• Kementerian Perhubungan dengan Menteri : Laksamana Muda Laut Jatidjan
• Kementerian Perhubungan mempunyai :
• Departemen Perhubungan Darat   : Brigjen Utoyo Utomo
• Departemen Perhubungan Udara : Partono

c.       Kabinet Ampera : 25 Juli 1966 s.d. 17 Oktober 1967

      Departemen Perhubungan  

• Menteri Perhubungan : Sutopo
• Menteri Maritim : Laksamana Muda Laut Jatidjan

22.  Kabinet Pembangunan (Orde Baru) :

a.       Kabinet Pembangunan I : 6 Juni 1968 s.d. 28 Maret 1973

• Menteri Perhubungan : Drs. Frans Seda

b.      Kabinet Pembangunan II : 28 Maret 1973 s.d. 28 Maret 1978

• Menteri Perhubungan : Prof. DR. Emil Salim

c.       Kabinet Pembangunan III : 29 Maret 1978 s.d. 15 Maret 1983

• Menteri Perhubungan : Roesmin Nuryadin

d.      Kabinet Pembangunan IV : 19 Maret 1983 s.d. Maret 1988

• Menteri Perhubungan  : Roesmin Nuryadin

Pada saat itu Departemen Perhubungan mempunyai Direktorat Perhubungan Darat, Direktorat Perhubungan Laut, Direktorat Perhubungan Udara dan mempunyai Kaperwahub dan Kanwil-Kanwil.

e.       Kabinet Pembangunan V : 1988 s.d. 1993

• Menteri Perhubungan : Ir. Azwar Anas

Departemen Perhubungan membawahi Direktorat Jenderal Perhubungan Darat, Laut dan Udara serta dihapus Kaperwahub dan digabung menjadi Kanwil ? Kanwil Perhubungan di setiap propinsi.

f.        Kabinet Pembangunan VI : 1993 s.d. 1998

• Menteri Perhubungan : DR. Haryanto Dhanutirto