Departemen Perhubungan telah ada sejak Periode awal Kemerdekaan Indonesia yang dibentuk berdasarkan periode Kabinet Republik Indonesia :
1. Kabinet Presidensiil : 2 September 1945 s.d. 14 November 1945
- Menteri Perhubungan adalah Abikusno Tjokrosujono.
2. Kabinet Sjahrir ke I : 14 Nopember 1945 s.d. 12 Maret 1946
- Menteri Perhubungan adalah Ir. Abdulkarim.
3. Kabinet Sjahrir ke II : 12 Maret 1945 s.d. 2 Oktober 1946
- Menteri Perhubungan adalah Ir. Abdulkarim
- Menteri Muda Perhubungan adalah Ir. Djuanda
4. Kabinet Sjarir ke III : 2 Oktober 1946 s.d. 3 Juli 1947
- Menteri Perhubungan adalah Ir. Djuanda
- Menteri Muda Perhubungan adalah Ir. Djuanda
- Menteri Muda Perhubungan adalah Setiadjid
5. Kabinet Amir Sjarifudin ke I : 3 Juli 1947 s.d. 20 Januari 1948
- Menteri Perhubungan adalah Ir. Djuanda
6. Kabinet Amir Sjarifudin ke II : 11 Nopember 1947 s.d. 20 Januari 1948
- Menteri Perhubungan adalah Ir. Djuanda
7. Kabinet Hatta ke I (Kabinet Presidensiil) : 20 Januari 1948 s.d. 4 Agustus 1948
8. Kabinet Darurat : 19 Desember 1948 s.d. 13 Juli 1949
- Menteri Perhubungan dan mewakili kemakmuran adalah Ir. Indratjaj
9. Kabinet Hatta k II (Kabinet Presidensiil) : 4 Agustus 1949 s.d. 20 Desember 1949
- Menteri Perhubungan adalah Ir. H. Laoh
10. Kabinaet Susanto (Kabinet Peralihan) : 20 Desember 1949 s.d. 21 Januari 1950 Tidak ada Menterinya
11. Kabinet Halim (Republik Indonesia Jogya-Jakarta) : 21 Januari 1950 s.d. 6 September 1950
- Menteri Pekerjaan Umum dan Perhubungan adalah Ir. Sitompul
12. Kabinet Republik Indonesia Serikat Pertama dan Terakhir : 20 Desember 1949 s.d. 6 September 1950
- Menteri Perhubungan adalah Mr. Wilopo
13. Kabinet Natsir (Kabinet Republik Indonesia Kesatuan ke I) : 6 September 1950 s.d. 27 April 1951
- Menteri Perhubungan adalah Ir. Djuanda
14. Kabinet Sukiman (Kabinet Republik Indonesia Kesatuan ke II) 27 April 1951 s.d. 3 April 1952
15. Kabinet Wilopo (Kabinet Republik Indonesia Kesatuan ke III) 3 April 1952 s.d.1 Agustus 1953
- Menteri Perhubungan adalah Ir. Djuanda
16. Kabinet Ali Sastroamidjoyo ke I (Kabinet Republik Indonesia ke IV): 1 Agustus 1953 s.d. 12 Agustus 1955
- Menteri Perhubungan adalah Abikusno Tjokrosujoso
- Mulai tanggal 19 Nopember 1954 Mr. Abikusno Tjokrosujoso meletakkan jabatan sebagai Menteri Perhubungan ad interim dan diganti oleh
- DR. A. K Gani dengan Keppres No. 227 tahun 1954 tangal 18 Nopember 1954
17. Kabinet Burhanuddin Harahap (Kabinet Republik Indonesia Kesatuan ke V): 12 Agustus 1955 s.d. 24 Maret 1956
- Menteri Perhubungan adalah F. Laoh
- Menteri Muda Perhubungan adalah Asrarudin
18. Kabinet Ali Sastroamidjoyo ke II (Kabinet Rep. Indonesia Kesatuan ke VI): 24 Maret 1956 s.d. 9 April 1957
- Menteri Perhubungan adalah H. Sjuchjar Tedjasukmana
- Menteri Muda Perhubungan adalah A. Be. De Rozari, terhitung tangal 9 Januari 1967 diberhentikan dengan hormat dari jabatannya.
Program Kementerian Perhubungan jaman itu adalah :
a. Memperlengkapi alat-alat transport untuk daerah yang menghasilkan produksi banyak, sehinga tercapai imbangan yang baik antar produksi dan konsumsi dengan mengutamakan rehabilitasi jalan-jalan di luar jawa.
b. Memajukan dan mengawasi pelayaran nasional serta melindungi terhadap persaingan asing.
19. Kabinet Djuanda ? Kabinet Karya (Kabinet Republik Indonesia Kesatuan ke VII): 9 April 1957 s.d. 10 Juli 1959
- Menteri Perhubungan adalah Mr. Sukardan
20. Kabinet Republik Indonesia (sesudah Dekrit Presiden 5 Juli 1959) dengan periode :
a. Kabinet Kerja I : 10 Juli 1959 s.d. 18 Februari 1960
- Menteri Muda Perhubungan Laut adalah Ir. Abdul Mutholib Danunungrat
- Menteri Muda Perhubungan Darat dan Pos Telegrap dan Telepon adalah Jend. Mayor Djatikusumo
- Menteri Muda Perhubunga Udara adalah Kol . Udara R. Iskandar
b. Kabinet Kerja II : 18 Februari 1960 s.d. 6 Maret 1962
- Menteri Perhubungan Darat dan Pos Telegrapdan Telepon, Pariwisata adalah Mayor Jend . Djatikusumo
- Menteri Perhubungan Laut adalah Ir. Abdul Mutholib Danunungrat
- Menteri Perhubunga Udara adalah Kol . Udara R. Iskandar
c. Kabinet Kerja III : 6 Maret 1962 s.d. 13 November 1963
- Menteri Perhubungan Darat dan Pos Telekomunikasi dan Pariwisata adalah Letjen Djatikusumo
- Menteri Muda Perhubungan Laut adalah Ir. Abdul Mutholib Danunungrat
- Menteri Muda Perhubungan Darat dan Pos Telegrap dan Telepon, Pariwisata adalah Letnan Jend. Mayor Djatikusumo
- Menteri Muda Perhubunga Udara adalah Kol . Udara R. Iskandar
d. Kabinet Kerja IV : 13 November 1963 s.d. 27 Agustus 1964
- Menteri Perhubungan Darat dan Pos Telekomunikasi dan Pariwisata adalah Letjen Hidayat
- Menteri Perhubungan Laut adalah Brigadir Jenderal KKO Ali Sadikin
- Menteri Perhubunga Udara adalah Laksamana Muda Udara Iskandar
c. Kabinet Dwikora : 27 Agustus 1964 s.d. 1965
- Menteri Perhubungan Darat : Letjen Hidayat
- Menteri Perhubungan Udara : Partono (baru mulai 2 April 1965)
21. Kabinet Sesudah Orde Lama yaitu :
a. Kabinet Dwikora yang disempurnakan : 24 Februari 1966 s.d. 28 Maret 1966
- Menteri Perhubungan Udara: Partono
- Menteri Perhubungan Laut : Mayjen KKO Ali Sadikin
b. Kabinet Dwikora yan disempurnakan : 27 Maret 1966 s.d. 25 Juli 1966
- Kementerian Perhubungan dengan Menteri : Laksamana Muda Laut Jatidjan
- Kementerian Perhubungan mempunyai :
- Departemen Perhubungan Darat : Brigjen Utoyo Utomo
- Departemen Perhubungan Udara : Partono
c. Kabinet Ampera : 25 Juli 1966 s.d. 17 Oktober 1967
Departemen Perhubungan
- Menteri Perhubungan : Sutopo
- Menteri Maritim : Laksamana Muda Laut Jatidjan
22. Kabinet Pembangunan (Orde Baru) :
a. Kabinet Pembangunan I : 6 Juni 1968 s.d. 28 Maret 1973
- Menteri Perhubungan : Drs. Frans Seda
b. Kabinet Pembangunan II : 28 Maret 1973 s.d. 28 Maret 1978
- Menteri Perhubungan : Prof. DR. Emil Salim
c. Kabinet Pembangunan III : 29 Maret 1978 s.d. 15 Maret 1983
- Menteri Perhubungan : Roesmin Nuryadin
d. Kabinet Pembangunan IV : 19 Maret 1983 s.d. Maret 1988
- Menteri Perhubungan : Roesmin Nuryadin
Pada saat itu Departemen Perhubungan mempunyai Direktorat Perhubungan Darat, Direktorat Perhubungan Laut, Direktorat Perhubungan Udara dan mempunyai Kaperwahub dan Kanwil-Kanwil.
e. Kabinet Pembangunan V : 1988 s.d. 1993
- Menteri Perhubungan : Ir. Azwar Anas
Departemen Perhubungan membawahi Direktorat Jenderal Perhubungan Darat, Laut dan Udara serta dihapus Kaperwahub dan digabung menjadi Kanwil ? Kanwil Perhubungan di setiap propinsi.
f. Kabinet Pembangunan VI : 1993 s.d. 1998
- Menteri Perhubungan : DR. Haryanto Dhanutirto
(Jakarta, 29/7/2010) Menteri Perhubungan Freddy Numberi mengaku senang jika ada wartawan yang mengkritik kinerja dirinya dan para pejabat di bawahnya melalui pemberitaan. Hal itu dinilai Menhub sebagai salah satu bentuk perhatian wartawan dalam menjalankan perannya mengawal laju pemerintahan yang bertanggung jawab kepada masyarakat.
(Jakarta, 29/7/2010) Besaran nilai ganti rugi yang akan diajukan Pemerintah Indonesia kepada PTTEP Australasia atas pencemaran yang terjadi di Laut Timor kemungkinan akan lebih besar dari hasil perhitungan sementara Tim Nasional Penanggulangan Tumpahan Minyak Laut Timor, sebesar Rp 247 miliar.
(Jakarta, 29/7/2010) Pemerintah menyiapkan pembangunan infrastruktur angkutan kereta api khusus bandar udara dan pelabuhan laut di sejumlah kota besar seperti Jakarta, Bandung, dan Surabaya. KA bandara diorientasikan untuk meningkatkan aksesibiitas masyarakat dari dan menuju bandara, sedangkan KA khusus pelabuhan untuk meningkatkan kapasitas pendistribusian barang dari dan menuju pusat-pusat industri dalam rangka mengurangi beban jalan raya.
(Jakarta, 29/7/2010) Pemerintah Indonesia dan Pemerintah Singapura sepakat menandatangani perjanjian kerjasama tentang penerapan Petugas Keamanan Dalam Pesawat (In Fligt Security Officer). Penandatanganan kerjasama tersebut dilakukan oleh Direktur Jenderal Perhubungan Udara, Herry Bakti S. Gumay dan wakil pemerintah Singapura yaitu Wakil Sekretaris Kementerian Dalam Negeri Singapura, Tai Weng Shyong, di Ruang Mulawarwan Kementerian Perhubungan Jakarta Kamis, (29/7).